Ал 1920 жылдын ақпан айында Мұстамбаев ешқандай кандидаттық өтілсіз партия мүшелігіне қабылданды. Бұдан кейінгі жылдары Ы.Мұстамбаев партиялық және кеңестік әртүрлі жауапты қызметерді аброймен атқарды.
Мысалы, 1919-1921 жылдары Ыдырыс Семей губернисының революциялық комитеті мен губерниялық атқару комитетінің мүшесі болып, Семей, Өскемен, Аягөз, Зайсан уездерінде ұйымдастырушылық-басшылық қызметтер атқарды.
1921-1923 жылдары Ы.Мұстамбаев Орал губерниялық атқару комитеті төрағасының орынбасары және Орал губерниясының прокуроры, 1924-1925 жылдары Ыдырыс Ақмола губерниясының прокуроры, 1925-1926 жылдары ол Сырдария губерниясы атқару комитетінің төрағасы қызметтерін атқарды.

1927 жылы Мұстамбаев аймақтық қызмет конторасының меңгерушісі, 1925-1927 жылдары Кеңестік Социалистік Респубикалар Одағының Орталық атқару комитетінің мүшесі, 1920-1927 жылдары Қазақ Орталық атқару комитетінің мүшесі лауазымдарын атқарды.
1928-1929 жылдары Мұстамбаев Қазақ Кеңестік Республикасы Одағының жұмысшы-шаруа инспекция комиссариатының аға инспекторы, 1931 жылы аймақтық колхоз одағы басқармасынын мүшесі, 1932 жылы ол Қазақ жоспарлау комитеті жанындағы стандарттау бюросы меңгерушісінің орынбасары, ал, 1929-1930 жылдары байланыс наркомының орынбасары, Қазақ Кеңестік Социалистік Республика Одағының Халық комиссариатының мүшесі болып қызмет атқарған.

Мұстамбаев Қазақстанда Кеңес үкіметі орнаған кезден бастап әртүрлі жауапты қызметтерді атқарып, Кеңес үкіметінің нығайуы жолында еңбек еткен. Ол алғашқы кезден бастап-ақ Кеңес үкіметінің ұлт саясатына өз наразылығын ашық білдірген қайраткер болды. Бұл ұлт мүддесі жолындағы табанды күрес, Голощекиннің Қазақстанға келіп, өзінің жеке билігін орнатуға кіріскен кезде ашық түрдегі саяси күреске ұласты.
Мұстамбаевтың «Барлық уақытта жолдас Голощекинге сенуге болмайды, Ежовтың қолымен Қазақстанда коммунизм орната алмайсың»- деген сөзінің қаншалықты растығын республикамыздағы 1929-1933 жылдары болған аштық және 1937-1939 жылдары болған қуғын-сүргін оқиғалары әлденеше рет дәлелдеп берген болатын.
Қазақстандағы Голощекин саясатына қарсы шығып, С.Садуақасов сияқты қайраткерлермен пікірлес, мүдделес болған Ы.Мұстамбаев Голощекин тарапынан сәдуақасовшылдықтың «губерниялық деңгейдегі» жақтасы, қолдаушысы тұрғысынан қараланып, ашық түрде қуғынға түсті.
«Сырдария ісі», «Шаян ісі» деген секілді істердің ақ–қарасын анықтау барысында, бұл істер бір жақты бұрмаланып, оның астарынан Ф.Голощекин жікшілікті іздеп, Ы.Мұстамбаевты кінәлі қылып шығарып, жұмыс істеуіне мүмкіндік бермеді.
Мұстамбаев өзінің қоғамдық қайраткерлігімен қатар шын мәнісіндегі қазақ тілі мен оның бай ауыз әдебиетін сол әдебиеттің көрнекті өкілдерін, олардың артына қалдырған бай мұраларын насихаттаушы, қорғаушы болды.

Ол сыншы-публицист ретінде осы салаға қатысты қалам тарта отырып, халқымыздың жазба әдебиетінің негізін қалаушы ұлы Абай мұраларын жанын сала қорғауы – өз алдына бір төбе ерлік. Ол А.Байтұрсынов, М. Жұмабаев және басқа Алаш қайраткерлерінің шығармашылық еңбектеріне жоғары баға берді.

Ыдырыс Мұстамбаев жалған айыппен сотталып кеткеннен кейін де өзінің кінәсіздігін, өз ісінің дұрыстығын, Қазақстандағы кеңестік құрлысты жүргізуде Голощекин бастаған партия басшылығының өрескел қателіктерге ұрындырып отырғанын, оның зардаптарын батыл көтеріп, айта білді.

Ыдырыс голощекиндік жалған саяси айыптаулардың зардабын алғаш тартқан қазақ қайраткерлерінің бірі болды. Голощекин өзінің басты қарсыластарын жауапты қызметтерден бірінен соң бірін ығыстырып шығарғаннан кейін, өзінің қарсыласы Ы.Мұстамбаевты да ұмытпады.

Ол 1926 жылдан бастап, Голщекиннің «қырағы» күзетінде болды. Ыдырыс 1933 жылы қаңтар айында жоғарғы оқу орындары директорларының кеңесіне барғанда Мәскеу қаласында ұсталды. Сол жылдың шілде айында Ресей Кеңестік Федеративті Социалистік Республикасының қылмыстық кодексінің 58 бабының 2, 11 тармақтары бойынша 5 жылға бас бостандығынан айырылды.
1937 жылы 11 қарашада Алматы облыстық Біріккен мемлекеттік саяси басқармасының «үштігінің» қаулысымен «Кеңеске қарсы ұлтшылдық террорлық көтерліске және тыңшылық-диверсиялық ұйымға қатысқаны үшін» Мұстамбаев ату жазасына кесілді.
Жазықсыз жапа шеккен Ы.Мұстамбаев 1959 жылы 9 мамырдағы Қазақ Кеңестік Социалистік Республикасының Жоғарғы соты қылмыстық істер сот алқасының шешімі бойынша ісінде қылмыстық белгі болмауына байланысты ақталды.

Әдебиеттер:
1. Алаш. Алашорда: Энциклопедия.//Құраст.: Ғ.Әнес, С.Смағұлова.- Алматы: Арыс, 2009.- 247 б.;
2. Алаш қозғалысы: Құжаттар мен материалдар жинағы:1918-2007 жж: Т4.- Алматы: Ел-шежіре, 2008.- 280-397 б.;
3. Мұстамбаев Ы. Абай сын-айтыс. // Кіт. Алаш ақиықтары: Мақалалар, деректі құжаттар, аудармалар.- Алматы: Алаш, 2006.- 95-126 б.;
4. Мұстамбаев Ы. Көркем әдебиет туралы./ Кіт. Алаш ақиықтары: Мақалалар, деректі құжаттар, аудармалар.- Алматы: Алаш, 2006.- 66 б.;
5. Мұстамбаев Ы. Біздің таластарымыз./ Кіт. Алаш ақиықтары: Мақалалар, деректі құжаттар, аудармалар.- Алматы: Алаш, 2006.- 85 б.;
6. Мұстамбаев Ы. Ақын Абай және оның философиясы. Кіт. Алаш ақиықтары: Мақалалар, деректі құжаттар, аудармалар.- Алматы: Алаш, 2006.- 135 б.;
7. Салқынбек Д. Қайтпас қайраткер.// Қазақстан тарихы.- 2011.- №5.- 3 б.;