Тынышбаев Орыс географиялық қоғамының Түркістан бөлімінің, Қазақстанды зерттеу қоғамының, «Талап» ұйымының мүшесі болды. Мұхамеджан «Түркістан ұлттық бірлігі» ұйымының қызметіне де белсене ат салысты.
Тынышбаев халқымыздың тарихының күрделі, бұрын зерттелмеген кезеңдеріне арнап, дерек көздері бай, ғылыми тұрғыдан негізделген ірі еңбектер жазды. Оның тарихты тарең түсіне білгендігі, зерттеушілігі, қазақ халқының өміріне, кейінгі тағдырына әсер еткен ірі оқиғаларды түпқазық етіп алып, жүйелі түрде қарастыруынан байқалады. Бұл пікірге Тынышбаев еңбектеріндегі «Қырғыз-қазақ руларының шежіресі», «Қырғыз-қазақтың шығу тегі», «Қазақ этнонимі туралы», «Алтын Орданың күйреуі және Қазақ хандығының құрылу тарихы», «Ақтабан шұбырынды» секілді, әр тақырыптағы еңбектері дәлел бола алады. Қазақ тарихының көңе дәуірі, орта ғасырлар кезеңі, жаңа заманы ретінде жеке қарастыратын күрделі мәселелерді кеңінен қамтуға талпынынысы, М.Тынышбаевтың өзіндік қалыптасқан ғылыми көзқарасы бар екендігін аңғартады.
Тынышбаев еңбектері ұлттық мүдде тұрғысында жазылуымен ерекшеленеді. Ол қандай да бір халықтың тарихын жазу үшін сол ұлттың тілін, салт-дәстүрін, мәдениетін жетік меңгеру керек деген принципті берік ұстанды және бұл принципті өзге зерттеушілердің де ұстануын талап етті.
1924-1925 жылдары Орыс Географиялық Қоғамының Түркістан бөлімінде жасалған баяндама негізінде Мұхамеджан «Қырғыз-Қазақ халқының тарихына материалдар», оған қосымша ретінде «Қырғыз-Қазақтар XVII және XVIII ғасырларда» деген еңбектері жарық көрді. Оларда М.Тынышбаев қазақ шежіре деректерін орыс, шығыс, қытай деректерімен салыстыра отырып қарастырады. Ол өзі пайдаланған дерекемелерге сыни көзқараспен қарады және оларды ауызша тарихи мәліметтермен үнемі салыстырып отырды. Тынышбаев қырғыз-қазақ халқының тарихы жөнінде айта келе, көп зерттеушілердің ішінде Вельяминов-Зернов пен Левшиннің зерттеулерінің ғана мағналы екендігін атап көрсетіп, қалғандарының олардан құр көшіріп қана қойғандығын айтады.
«Авторлар-дейді, М.Тынышбаев-қырғыздар туралы әр түрлі деректерден «қазақ» деген сөзді ғана іздестіріп, олар әр қилы кезеңде әр түрлі түркі-моңғол тайпалары қосылған негізгі тайпа деп есептеді; солай дей отыра оның ешқайсысыда қазіргі кезеңде бұрыңғы «қазақтардың ұрпақтары қай қырғыз рулары болатынын анықтау мәселесімен айналысқан жоқ». Сондықтан да қазақ халқының әр-бір руының шығу, даму тарихын жете білуді талап етеді. «Қазақ халқының әрбір руынын генеалогиясын алдын-ала зерттемей, сондай-ақ, оның қай кезде кіммен қақтығысқанын анықтап алмай, қазақ халқының тарихи тағдырының жалпы бітімін елестету мүмкін емес»- деп ол әрбір рудың генеалогиясына хронологиялық ретпен қысқаша түрде тоқталып өтеді. (Төлбасиева С. Мұхамеджан Тынышбаев – қазақ шежіресін зерттеуші.// Қазақ тарихы.- 2004.- №1.- 84 б).
Осындай еңбектерінің нәтижесінде инженер М.Тынышбаев тарихшы, өлкетанушы ретінде де көрінеді. Негізі сол заманда ел басқарған Алаш азаматтарының көпшілігіне тән қасиет – әмбебаптық болып табылады. Олар қоғамдық қызметімен қатар қазақ халқының өткен тарихының сан алуан саласына үңіліп, зерттеп, шығармашылық қызметін де қатар ұстанады. Солардын бірі де, бірегейі де-Мұхамеджан Тынышбаев.
ХХ ғасырдың басындағы аласапыран заманға қарамастан М.Тынышбаев ғылыми-зерттеу жұмыстарын жүргізе береді. Мұхамеджан 1920 жылы қазақ өлкесін зерттеу қоғамын құрушылардың бірі болып «Сана» журналының шығуына атсалысады. Осы журнал бетінде қазақ халқының қамын жеген, мүддесін көздеген зиялы қауымның шығармашылық еңбектері жарық көре бастайды. Солардың қатарында 1923 жылғы 1-ші санында М.Тынышбаевтың «Түрік-моңғол тарихы» деген еңбегі жарық көреді. Онда ХІІ ғасырдағы моңғол шапқыншылығына дейінгі қазақ тайпаларының географиялық орналасуы, құрылымы, өзіне тән қоғамдық мәдени дамуы туралы терең мәлімет береді.
М.Тынышбаев 1925 жылдан бастап Ташкент қаласындағы Орыс Географиялық қоғамы бөліміне мүше болып жүрген кезінде өлкетанушылық этнографиялық зерттеулермен шұғылданады. 1925-1926 жылдары Чулошниковтың «Қазақ-қырғыз тарихының очерктері» еңбегіне М.Тынышбаевтың сын ескертпелері жарық көреді. Осы еңбекте қазақ тарихының көп жағдайда бұрмаланып берілгендігіне төзе алмаған ұлтжанды, ақиқатты сүйетін азамат Чулошниковтың жаңсақ пікірлерін нақты деректер арқылы талдап, саралап береді.
Тынышбаев 1922 жылы Түрістан автономиялы республикасының Су шаруашылығы басқармасында, 1924 жылы Ташкентте Жер суландыру бөлімінде, 1925 жылы Қызылорда қаласының құрылыс-жөндеу жұмыстарында, 1926 жылы Жетісу губерниялық атқару комитетінің жол бөлімінде еңбек етіп, өзін білікті инженер-маман ретінде де таныта білді. Ол әр түрлі қызмет атқара жүріп, еліміздің дамуына сүбелі үлес қоса білді. Оның еңбегінің екі басты бағытына баса көңіл аудару қажет: біріншісі, қазақ халқының шынайы тарихына қосқан сүбелі үлесі; екіншісі, Түрксіб құрлысына сіңірген еңбегі.
1926 жылы Тұрар Рысқұловтың тікелей ықпал етуімен Мұхамеджан Түркістан-Сібір темір жолын салуға қатысады. Осы құрлыстың жобалаушысы, негізгі маманы болды. Тынышбаевтың кәсіби шеберлігі Түрксіб құрлысын салу барысында айрықша танылды.
Мұхамеджан Тынышбаев бірінші зайыбы Гүлбахрамнан Фатанад-Бану, Фатыма, Ескендір, Дина атты балаларын сүйген. Мамандығы дәрігер Гүлбахрам 1922-1923 жылдардағы қазақ ауылдарын қынадай қырған обаға қарсы санитарлық қосында жүріп көз жұмған.
Гүлбахрам дүниеден өткен соң жеті жылға жуық үйленбей, балаларына қарайлап жүрген Мұхамеджан 1930 жылы құмық қызы Әмина Ибрагимқызы Шейх-Әлимен көңіл жарастырды. Олардың шаңырағында 1931 жылы Дәулет атты ұлдары дүние есігін ашқан.
.«Ата-анамның отбасылық өмірі көпке созылған жоқ. Ол кісілер 1930 жылдың сәуір айында үйленеді. Мен туғанда әкемді НКВД (Народный комиссариат внутренних дел) қызметкерлері тергеуге алып кетіпті. Сондықтан жаңадан босанған анамды перезентханадан ағасы, ал әкемнің досы Дауд пен нағашы әжем Мағипарваз шығарып алыпты. Туу туралы куәлігімді толтырарда түрмеде жатқан әкем шешеме: «Атын Дәулет деп қойындар. Бірақ фамилиясын Шейх-Әли деп жазындар»,-деген хабар жіберіпті. Анам менің құжаттарымды міне, әкемнің сол ақылы бойынша толтыртқан. Ол кісі мені осылай аман алып қалғысы келген шығар. Сонымен құжат бойынша: туған жерім – Алматы. Өмірге келген кезім – 1931. Ұлтым – қазақ. Тегім – Мұхамеджанұлы. Ал, фамилиям-Шейх-Әли» – деп еске алады ұлы Дәулет Шейх-Әли. ( Мұхаметжан Тынышпаев.// Жас Алаш.- 2011.- 20 қаңтар.- 3 б.).
Осы еңбектеріне қарамастан Тынышбаев Кеңестік биліктің қуғын-сүргініне ұшырап, Түрксібті салып жатқан кезінде 1930 жылы 3 тамызда тұтқындалып, 1931 жылдың көктемінде түрмеден босаған. Жылға жуық тыныш өмір сұрген оны 1932 жылы қайта тұтқындап, бес жылға Воронежге жер аударған. Жаза кесімін өтеп, ол 1937 жылы Ресейдің қара топырақсыз аймағынан босап, Уфа қаласынадағы отбасына қосылады.