Патшаның жергілікті әкімшілігі Ж.Ақбаевты «мемлекеттік қылмыс істеп, опасыздық жасады» деп айыптап, 1906 жылдың 11 қаңтарында тұтқындап, Семей түрмесіне қамайды.
Ж.Ақбаев түрмеде жатып, Санкт-Петербург университетінің профессоры, белгілі заңгер Л.И.Петражицкийге бірінші болып қазақ өлкесінің дербес автономия алуы мәселесін көтеріп хат жолдайды. Ғылыми диссертациялық шығармашылық жұмыспен де шұғылданып, қорғауға бекітіп алған тақырыбын түрмеде отырғанда ары қарай жалғастырып, кеңейткен ол өзі мүшесі болып табылатын Орыс Географиялық қоғамының Семей бөлімшесінің «Запискилерінің…» 1907 жылғы 3-ші басылымына “Наброски по обычному, в частности, брачному праву киргизов” деген атпен жариялайды.
Жақып Ақбаев саяси қылмысы үшін 1908 жылы алғашында Ақмола облысының Омбы оязына 5 жылға, кейіннен 1909 жылдың 19 наурызында Ресей Ішкі Істер Министрлігінің шешімімен Жетісу облысының Қапал қаласына (басында Якутияға) жер аударылады. 1908 жылдан Дала генерал-губернаторлығының кеңесінің бөлімінде ашылған Жақып Ақбаевтың арнаулы ісі 1917 жылдың Қазан төңкерісіне дейін жүреді. 1910 жылы Ж.Ақбаев патша өкіметіне қарсы күресін тоқтатпағаны үшін Тобыл қаласына жер аударылған. Айдауда жүрседе саяси күресін әсте тоқтатпаған Жақып Ақбаев бүркеншік атпен “Айқап” журналына мақалаларын жолдап, жариялатып отырған.
Міне, осы кезден бастап Жақып Ақбаев патша және Кеңес өкіметі кездерінде үнемі қуғын-сүргінді, тепкіні көп көріп абақты-айдаудан көз ашпады деуге болады.
Қайда жүрсе де ол патша шенеуніктерінің парақорлығын, халыққа жасаған озбырлығын үнемі әшкерелеп отырды. Қарқаралы уезіндегі шаруалар учаскесінің бастығы Цыловтың жэне де басқалардың парақорлығын әшкерелейді. Қапалда жүргенде де келімсектерден қиянат көрген қазақтардың мүдделерін қорғап, осында айдауда жүрген К.Төгісовпен бірлесіп сот процесінде әділ шешім шығаруға ықпал жасайды.
Ж.Ақбаевтың патша әкімшілігінің жоғары орындарына өзінің жазықсыз жапа шегіп, айдауда жүрген мерзімін қысқартып не сот үкімін бұзу жөніндегі арыз-шағымдарында (мысалы, сенатор граф Паленге осы құжатты және Ақбаевқа қатысты басқа да материалдарды алғаш тауып, жариялаған белгілі ақбаевтанушы-ғалым, М.Құл-Мұхаммед) өзінің жеке басының мәселелері көрініс тапқандай болып көрінгенімен, шын мәнісінде ол құжаттарда патша әкімшілігінің озбырлық, зорлық-зомбылық, зымияндық саясаты, шенеуніктердің парақорлығы, жер мәселесінің ушығуы сияқты және осылардан туындайтын бодандықтағы қазақ қоғамын іштей кеулеп, жегідей жеген әлеуметтік кесепаттар – партия таласы мен мансапқорлық және басқа да келтірілген фактілер жалпы қоғамға тән шынайы әлеуметтік шындықты қамтығандықтан оларды сол жалпы қоғамдық деңгейде қарастырған сүбелі еңбек болып саналу қажет.
Бұл да күрескерліктің, отаршылдық саясатты әшкерелеудің және метрополия заң нормаларын ұтымды пайдаланудың бір тәсілі болып табылады. Әлбетте, бұндай күрес зор білім мен біліктілікті қажет етеді. Сондықтан да отаршыл жүйе ұлттың бас көтерерлерін тұқыртып қудалауы өзінен-өзі түсінікті. Бірақ Ақбаев сынды ұлттың қайсар тұлғалары қайыспады. Бүкіл ғұмыры айдауда болса да, өмірінің соңына шейін ұлт, елдік үшін күресі соның бір жарқын айғағы іспетті.
Ж.Ақбаев 1912 жылдың ақпанында Қарқаралыға қайтып оралып, полицияның қадағалауына алынады. 1913 жылы Қарқаралыға Ә.Ермековтің басшылығымен келген қазақ әдебиеті мен ауыз әдебиеті шығармашылығын зерттеуші Г.Потанинді үйінде қонақ қылып күтіп, кеш ұйымдастырады. Ол жайлы зерттеушілер Ю.Попов пен В.Новиков «Григорий Потаниннің соңғы саяхаты» атты еңбегінде: «Саяхатшылар ат басын Ақбаевтың ауылы орналасқан Мыңбұлаққа бұрды. Жақып Ақбаев қазақтың тұңғыш құқықтанушысы болатын. Ол Петербург университетін бітіріп, Омбы сот палатасында қызмет істеді. Географиялық қоғамның да мүшесі болған Ақбаев Г.Н.Потанинді жақсы білетін. Сондықтан ол меймандарды құшақ жайып, қуана қарсы алды… Г.Н.Потанинге әрі пайдалы, әрі ұнамды ету мақсатымен Жақып Ақбаев музыкалы – әдеби кеш өткізді. Онда мектеп пен гимназия оқушылары ән шырқап, өлеңдер оқыды, ұлттық музыкалық шығармаларды орындады»- деп жазған.
1914 жылдың жазында Омбы сот палатасына қызметке қабылдау туралы өтініш жазады, саяси сенімсіздігі үшін жұмысқа алынбағандықтан адвокаттық практикамен айналысуына тура келеді. Қудалаудан құтылмай тағы да Семей түрмесіне қамалып, 1917 жылдың басында босап шығады.
1917 жылы патша тақтан құлаған соң, елдегі саяси өзгерістерге араласып, 1917 жылдың 20 наурызында Қарқаралыда орыс-қазақтардан құралған, құрамына М.Бекметев, Ф.Бекметов, Н.Орманбетов, Н.Нұрмақовтармен бірге өзі де кірген Уақытша өкіметтің уездік біріккен атқару комитетін құрады. Кейіннен комитеттің ішінде жік туып, ұлт араздығын қоздырушы деген айыппен, саяси ұрандар таратқаны үшін Ж.Ақбаев қамауға алынады. Алайда өзі жазықсыз деп танылып, оның қарсыластары комитет құрамынан шығарылады.
1917 жылы «Алаш» партиясын, “Алашорда” үкіметін ұйымдастырушы қайраткерлердің қатарында болды. Осы жылдың 21-28 шілдесінде Орынборда өткен Бүкілқазақтық съезге қатысып, оның басшы құрамында болады. 5-13 желтоқсанда өткен Орынбордағы 2-бүкілқазақ съезінде “Алашорда” үкіметінің мүшелігіне еніп, съезде 26,5 мың адамнан құралған тұрақты әскер құру идеясын көтереді. Сондай-ақ үш алаш полкін құруға басшылық жасайды, олардың екеуі Семейде, үшіншісі Торғайда орналасады.
Ғалым ретінде мемлекеттік құрылысты белгілеуде, Алашорда автономиясының мемлекеттік институттары мен үкіметін құруда, Алашорда автономиясының шекарасын анықтауда Жақып Ақбаев басты рөл атқарған. Ол “Алашорда” үкіметіндегі қызметін тоқтатқаннан соң 1918 жылы Қарқаралыдағы қазақ комитетін басқарды.
Жақып Ақбаеы тәуелсіздікке қан төкпей, бейбіт жолмен, заңды, конституциялық жолмен жетуді көздеп, сол үшін күресті. Алашорда автономиясы үкіметін құруда белді ұйымдастырушы болды. Алашорда үкіметі мен «Алаш» партиясының бағдарламасын жасауда, құқықтық негізін жасауға барлық күш-жігерін жұмсаған.
1918 жылы Семей ақ-казақтардың қолына көшкенде ұлттық дербестікті сақтап қалуға ұмтылғаны үшін Ж.Ақбаев қамауға алынып, 1919 жылы түрмеден босайды. Қарқаралыға келіп ол колчакшыларға, атамандардың озбырлығына қарсы күрес ұйымдастырғаны үшін тағы да түрмеге түседі.
Алаш автономиясын сақтап қалу мақсатында ақ-казактарға қарсы қарулы көтеріліске басшылық жасағаны үшін Колчактың әскери-дала соты 1919 жылдың 7 шілдесінде “әскери-казак диктатурасын құлатып, Совет өкіметін орнату үшін халықты көтеріліске шақырды, атамандардың жауы” деп айыптап, ату жазасына кеседі. Дегенмен, 1919 жылы ақ казактар толық жеңіліске ұшырап, Қазақстан арқылы Қытайға қаша бастайды. Корпус командирі Березовский мен Сібір үкіметінің төрғасы Вологодскийдің ұсынысы бойынша аталмыш үкім күшін жойып, Ж.Ақбаев қамаудан босатылады. Семей ақ казактардан босатылған соң, Ж.Ақбаев заң мекемелерінің қызметіне араласады.