Жер аударылу мерзімі аяқталған соң, М.Тынышбаев қуғын-сүргінің мұнымен аяқталмайтынын жақсы түсініп, зайыбы мен баласын Уфа қаласындағы Әмина Ибрагимқызының туыстарына жібереді. Өзі Батыс Қазақстанның территориясы арқылы Ташкентке, үлкен қызы Фатанад-Бануға келеді. Мұхамеджан Ташкентте көп аялдамай, Қандыағаш – Гурьев темір жолы құрлысына жұмысқа орналасады. Бірақ ол денсаулығының нашарлауына байланысты ұзамай Ташкентке қайтып оралады.
1937 жылы 21 сәуір күні Мұхамеджан Тынышбаевты Өзбек ССР-і Ішкі істер халық комиссариаты тұтқынға алады. Оған «тап жауы», «буржуазияшыл-ұлтшыл» деген айып тағылып, 1938 жылы Ташкент түрмесінде ату жазасына кесілген.
Қызы Фатымаға айтқанындай: «Мен өмірімде адал еңбек етуден жалыққан жоқпын. Бар мақсатым халқымды оятып, жарқын өмірге бастау еді»- дегендей М.Тынышбаев халқының есінде осындай сипатта қала бермекші. (Ескендірұлы М. «Алаш орда» министрлері».- Алматы, 2008.- 43 б.)
Қазіргі уақытта Алматы қаласындағы Қазақ көлік және коммуникация академиясына Тынышбаев есімі берілген. Алматы облысы Сарқант ауданындағы бір ауыл және Алматы қаласындағы бір көше Тынышбаев есімімен аталады.
Аз өмір сүрсе де қазақ халқы үшін көп еңбек сіңірген, туған халқы үшін жанын пида еткен Мұхамеджан Тынышбаев қазақ халқынның есінде мәңгі қалады.
Әдебиеттер:
1. Алаш. Алашорда: Энциклопедия / Құраст.: Ғ.Әнес, С.Смағұлова.- Алматы: Арыс баспасы, 2009.- б.335-337;
2. Алаш қозғалысы. Т.2. – Алматы: Алаш баспасы, 2005. – б. 31-33; 315-321; 420-422
3. Жұртбай Т. «Қазақ ауылына – азаматтық соғыс жариялады!..» // Ақиқат.- 2010.- №10.- 41 б.;
4. Мұхаметжан Тынышпаев // Жас Алаш.- 2011.- 20 қаңтар.- 3 б.;
5. Нұрпейіс К. Тарихи тұлғалар.- Алматы: Қазақ энциклопедиясы, 2007.- б. 334-339;
6. Тарихи тұлғалар / Құраст. Б. Тоғысбаев, А. Сужикова. – Алматы: Алматы кітап баспасы, 2012. – б.63-65
7. Тоғысбайұлы Б. Тынышбаев пен Голощекин // Парасат.- 2007. -№4.- 24-27 б.;
8. Төлбасиева С. Мұхаметжан Тынышбаев – Қазақ шежіресін зерттеуші // Қазақ тарихы.- 2004.- №1.- 83-86 б.